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Linux系统是一类自由开源的电脑操作系统，因其内核为Linux而得名。内核是一个电脑程序，组成操作系统的核心，链接系统硬件和应用程序。Linux系统是自由和开源的，有很多的发行版本。因为Linux免费、开源、稳定性好、安全性高、有活力的社区支持，绝大多数生物信息工具均是基于Linux系统的。